TREW: 表观转录组RNA修饰调控数据库

生物科学系

动机

表观转录组是基因表达调控的重要层面。随着高通量测序技术的发展,各种RNA修饰如m6A,m5C,m1A 和 psi (伪-尿嘧啶) 在转录组范围的分布被越来越普遍的观测到;然而,直到今天,表观转录层面上的调节通路仍然没有被全面地定位或有效地整合。

结果

RNA修饰被名为阅读者(Reader),写作者(Writer)和擦除者(Eraser)的同类蛋白质因子直接识别,添加或去除。通过整合来自36个独立的高通量测序实验的信息,我们建立了一个在线的数据库TREW用来收录在不同的实验背景下不同物种中(人、小鼠和苍蝇)预测出171,551个RNA修饰阅读者,写作者和擦除者的偏好靶点。为了方便用户查询,搜索和浏览该数据库,靶点信息被整合到基因组浏览器中,并通过它们与基因,共有基序(consensus motif)以及微小RNA结合位点(micro-RNA binding sites)等的关联来完成注释。

通过单击以下链接之一访问TREW数据库:

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